Das Ziel des Refoplan-Vorhabens ist es DNA-Metabarcoding für die behördliche Praxis zu etablieren. Verschiedene Studien zeigten das Potenzial von DNA-Metabarcoding für die ökologische Fließgewässerbewertung bereits auf. Diese basierten jedoch ausschließlich auf händisch durchgeführter Laborarbeit, bei der v.a. bei einer hohen Probenanzahl die Robustheit abnimmt. In Blick auf die Zukunft besteht jedoch Bedarf einer robusten, schnellen und standardisierten Prozessierung im Labor, um die Proben des Routinemonitorings in den gegebenen zeitlichen Rahmen bearbeiten zu können. Um hier eine verbesserte Standardisierung und Automatisierung der Probenprozessierung zu gewährleisten, soll DNA-Metabarcoding zukünftig durch einen Pipettierroboter bearbeitet werden. Durch die Etablierung von automatisierten Protokollen werden menschliche Fehler während der Laborarbeit minimiert, die Reproduzierbarkeit der Protokolle und auch der Durchsatz erheblich erhöht.